Cuando intentamos ejecutar un script demasiado grande en CWP, nos encontramos que nos aparece un error 504, si revisamos el log de errores, nos encontraremos algo similar a esto:

[Tue May 05 09:54:15.532532 2020] [proxy_fcgi:error] [pid 18346:tid 140287615641344] (70007)The timeout specified has expired: [client *****] AH01075: Error dispatching request to : (polling), referer: https://www.*****.com/****.php

Si este es el caso, tiene una solución realmente sencilla, tienes que editar el archivo del vhost del dominio que te da el problema, sería algo como esta ruta:

/usr/local/apache/conf.d/vhosts/dominio.com.conf

Tienes que buscar esta parte del código:

<IfModule proxy_fcgi_module>
        <FilesMatch \.php$>
            SetHandler "proxy:unix:/opt/alt/php-fpm72/usr/var/sockets/domain.sock|fcgi://localhost"
        </FilesMatch>
    </IfModule>

Tendrá que añadir el valor deseado de ProxyTimeout 3600 justo después de </FilesMatch> y antes de </IfModule>, esto sería un ejemplo final:

<IfModule proxy_fcgi_module>
        <FilesMatch \.php$>
            SetHandler "proxy:unix:/opt/alt/php-fpm72/usr/var/sockets/domain.sock|fcgi://localhost"
        </FilesMatch>
        ProxyTimeout 3600
    </IfModule>

Con este valor, puedes ir a la pantalla de inicio de la administración de CWP y pinchar en Reiniciar Apache. 

Ahora prueba de nuevo a ejecutar el script, debería de funcionar correctamente.